Đối với các loại rau, quả, trái cây hay bị hỏng nhiều khi do chính bản thân chúng tiết ra các men, hoặc các vi sinh vật từ môi trường ngoài xâm nhập trong quá trình vận chuyển, chế biến, thậm chí một số trường hợp do độc tố của các sinh vật gây ra, chất độc tố có trong rau như ở nấm. Thông thường các vi sinh vật sống trong một số nông sản được phân làm 3 nhóm. Nhóm ưa nhiệt, chúng có thể sống ở nơi có nhiệt độ từ 30 – 80 độ C, thích hợp nhất là 50 – 65độ C. Nhóm vi sinh vật ưa ẩm, nhiệt độ thích hợp 24 – 40 độ C; và nhóm vi sinh vât ưa nhiệt độ thấp từ +25 độ C giảm xuống – 10 độ C.
Trong bất kỳ loại nông sản nào cũng có thể có 3 loai vi sinh vật nói trên, nhiều hoặc ít. Tuy nhiên đối với phương pháp bảo quản lạnh, dưới tác dụng của nhiệt độ thấp, một số vi sinh vật bị chết hoặc ngừng hoạt động. Bởi vì protein của chúng bị biến đổi, phá hỏng hệ keo protein. Ở nhiệt độ thấp làm cho nước tách khỏi vỏ, protein vỏ tròn lại, lực đẩy giữa các phần tử sẽ giảm làm protein tụ đọng khiến vi sinh vật không hoạt động được và chúng sẽ chết.
Mặc dù vậy cũng có một số vi sinh vật sau khi rã lạnh lại khôi phục sức sống, tiếp tục sinh sôi nảy nở trong môi trường ấm và tan giá. Khi nước đóng băng thành tinh thể đã chèn và làm rách tế bào vì thế tế bào vi sinh vật sẽ bị phá hủy. Nên trong quá trình làm đông lạnh rau, trái cây người ta phải hạ nhiệt độ xuống – 18 độ C, nhằm lượng nước không đủ cho vi sinh vật phát triển. Bởi vì khi hạ xuống – 8 độ C, nước trong rau, trái cây mới đóng băng 72%; ở mức nhiệt – 15 độ C nước đóng băng 79%, vi sinh vật không còn môi trường hoạt động. Do nước đóng băng, nồng độ dịch tế bào chất tăng lên, độ pH sẽ giảm làm vi sinh vật không phát triển được nữa. Sử dụng kho lạnh bảo quản đã làm cho vi sinh vật ưa nhiệt chết.
Đặc biệt, các loại nông sản khi đã hái, đã nhổ lên khỏi đất thì các tế bào của nó vẫn sống và vẫn có quá trình tiêu hóa, trao đổi chất, hô hấp. Quá trình này sẽ còn tiếp diễn khi cơ thế chúng vẫn còn nước. Tác động của nhiệt sẽ làm ảnh hưởng đến trạng thái của nước và thành phần hóa học của sản phẩm. Bên cạnh đó, các nông sản trong quá trình sống chúng rất ít thải nhiệt bởi đã có màng tế bào bằng celulose và glucid trong dịch bào đã bảo vệ tế bào thực vật. Do đó trong tế bào càng nhiều đường thì độ chịu lạnh của nó càng cao.
Hiện nay hầu hết các khu sản xuất, trồng trọt, thu hoạch hay chế biến đều lắp đặt kho lạnh để bảo quản nông sản sau khi thu hoạch. Điều này sẽ giúp bảo quản lâu nông sản và không làm giảm chất lượng dinh dưỡng. Đây được xem như một biện pháp tối ưu nhất để duy trì, bảo quản lâu dài nông sản.